隨后十三元祖內亂，震天尊化身墮落金剛，被封印在火星，另一位元祖微天星放棄Matrix的擁有權，將其交還給賽天驕，自己悄無聲息的離開。
再之后，又發生了很多事，幻天靈和無常天也因理念不合，選擇出走，接著是馬克西姆大帝。
馬克西姆大帝剛走不久，銳天曉就因為私人原因跑去追殺馬克西姆大帝，雙方在多個大星系之間發生激烈的戰斗，最后一次現身是在仙女星系。
在哈拉人建立克里帝國后沒多長時間，先覺天突然將星辰劍贈送給哈拉人英雄和斯庫魯帝國公主的私生子——泰迪-奧特曼，然后消失得無影無蹤。
斯庫魯帝國是一個不亞于克里帝國的龐大星際帝國，他們的母星為斯庫魯星，所以這個帝國的人被稱為斯庫魯人，斯庫魯星位于仙女星系內，也曾受到過十二元祖和變形金剛的“照顧”。
經歷了一系列的變故之后，十三元祖只剩下如今這六位。
他們的座駕星艦是十三元祖的旗艦——元尊圣約號，這艘超級星艦，相當于一座可移動的太空城市，內部能容納近十萬的首領級變形金剛，最關鍵之處，是這艘星艦具有能量轉化的能力——也就是說，只要有元祖在，元尊圣約號便能無限暴兵！
元尊圣約號不停穿梭在時空通道中，快速離開大麥哲倫星系，接近銀河系。
火星一邊，Matrix沒有節操的報告著兩個分身所在方位，“它們到了銀河系邊緣，據我所知，銀河系屬于宇宙中大型星系里的中等規模，內部時空通道很多，最多一個小時后……”
不用說完，太一三人也明白它的意思。
“準備作戰！”太一果斷決定，“來不及回藍星布置了，先在火星狙擊吧。”
“我就說你的計劃不靠譜。”Matrix馬后炮式的抱怨著。
太一沒搭理它，轉向彌生和南子說道：“變形金剛來得太快，而且最少有兩個元祖，我們得想辦法頂住！”
“不用叫紫衣她們出來嗎？”南子心里一點兒底也沒有——變形金剛一族和過去的敵人不同，他們都是頂級終階，個個堪比鼎盛時期的源紫衣！
“要不要再等一下？”彌生不太甘心——源紫衣等人每多研究一分墮落金剛，實力就會增長一分，對付變形金剛一族的勝算也會提高。
以現在太一陣營的整體力量，面對一個世界，還是等級比山海界高的世界，終究過于勉強了，所以不管彌生或南子，都由于畏懼而生出恐慌。
“讓紫衣她們繼續研究吧，我們全力拖延，等到她們出關，就是反敗為勝之時！”太一只能給大家鼓勁，他一樣沒什么底氣。
好在火星上有阿修羅為首的須彌山戰斗派，這些家伙可不在乎敵人有多強大，至少阿修羅完全不在乎！
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